La pieza más emblemática es el esqueleto de una joven de hace 9.900 años conocida como "Pepita". Los análisis forenses revelaron que era zurda, medía un metro y medio y padeció una infección de oído tan severa que probablemente la dejó sorda poco antes de morir a los 19 años.
Entre los restos arqueológicos destaca un cráneo del Calcolítico con una curiosa formación rocosa adherida. Debido a la forma que adoptó el sedimento, parece que el individuo lleva puesto un sombrero bicornio, lo que le ha valido el apodo de "Napoleón".
El museo exhibe una pulsera de mármol del Neolítico que se encontró prácticamente intacta. Este objeto es un testimonio del refinamiento técnico de los antiguos habitantes de la zona, quienes ya eran capaces de trabajar materiales de gran dureza para crear ornamentos personales.
Ciertos restos óseos expuestos presentan una coloración rojiza intensa provocada artificialmente. Este fenómeno se debe a rituales funerarios complejos en los que se cubría el cuerpo con ocre, evidenciando la profundidad de las creencias espirituales de las sociedades prehistóricas.
Las vitrinas muestran que la alimentación de los primeros pobladores de Nerja era sorprendentemente diversa. Además de la caza terrestre, su dieta incluía el consumo de delfines, focas monje y diversos pescados, demostrando una explotación avanzada de los recursos marinos.
Más allá de la arqueología, el espacio recorre la transformación del pueblo desde la industria de la caña de azúcar hasta el fenómeno turístico de los años 80. Incluso se dedica un lugar al impacto cultural de la serie "Verano Azul", que puso a la localidad en el mapa internacional.
Dado que la mayor parte de la cueva está cerrada para garantizar su conservación, el museo utiliza tecnología de alta definición para mostrar de forma virtual las pinturas rupestres y las galerías restringidas que no pueden ser visitadas en persona.