Ubicada frente al Balcón de Europa, esta iglesia del siglo XVII presenta la peculiaridad de tener tres naves de igual altura, un diseño arquitectónico conocido como planta de salón que resulta poco común en los templos parroquiales de la provincia.
El campanario actual, de forma octogonal, fue construido con posterioridad al cuerpo principal del edificio, en 1724. Su función original no era únicamente religiosa, sino que servía como una torre de vigía militar conectada con las defensas costeras para alertar a la población ante incursiones piratas.
En el interior del templo destaca un gran fresco dedicado a la Encarnación, obra del pintor Francisco Hernández. La pintura cubre por completo la zona del altar mayor y se caracteriza por fusionar técnicas pictóricas clásicas con elementos de la tradición y el paisaje mediterráneo de la comarca.
La iglesia alberga la imagen de san Miguel Arcángel, el patrón de Nerja. Esta talla adquiere un protagonismo absoluto cada mes de octubre, cuando es portada a hombros por los vecinos en una multitudinaria procesión que marca el inicio de las fiestas mayores del municipio.
Es uno de los pocos templos católicos en el mundo que cuenta con una representación de los tres arcángeles juntos en su imaginería principal: san Miguel, san Gabriel y san Rafael, un detalle iconográfico que atrae el interés de estudiosos del arte sacro.
Durante el devastador terremoto que asoló la comarca de la Axarquía en 1885, la estructura del edificio resistió notablemente mejor que las viviendas circundantes. Su sólido diseño permitió que el templo sirviera como hospital de campaña improvisado y refugio para los damnificados.
La fachada principal muestra una combinación de ladrillo visto y encalado blanco que refleja la transición entre el estilo mudéjar tardío y el barroco andaluz. Su gran portalón de madera se abre directamente a la plaza, convirtiéndose en el telón de fondo de la mayoría de las celebraciones civiles y religiosas del pueblo.